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La colección del MNA se puede remontar al 18 de agosto de 1790, cuando se encontró la escultura de Coatlicue (diosa azteca de la tierra) en el área donde se encontraba el templo Mayor. Meses más tarde se encontró la piedra del Sol o Calendario azteca. En 1791 apareció la Piedra de Tizoc y la cabeza de una serpiente Xiuhcóatl. Todas las piezas fueron enviadas a la Real y Pontificia Universidad de México. Durante el gobierno de Maximiliano de Habsburgo, el museo se estableció en un antiguo palacio de la calle de Moneda en el Centro Histórico, edificio que había funcionado como casa de acuñación de dinero en época colonial.
Para 1910, la colección contaba como 10,122 objetos y el entonces llamado Museo Nacional de Arqueología, Historia y Etnografía tenía como función recuperar y consolidar la identidad nacional. En 1940 los acervos se trasladaron al Castillo de Chapultepec y se cambió el nombre a ""Museo Nacional de Antropología"". Debido a los grandes avances y descubrimientos, el castillo ya no se dio abasto para resguardar todas las piezas por lo que se necesitó un nuevo recinto.
El nuevo recinto fue construido en el Bosque de Chapultepec por el arquitecto Pedro Ramírez Vázquez (creador también de la Basílica de Guadalupe, el Museo del Templo Mayor y de la identidad gráfica de los Juegos Olímpicos de México 1968), contó con un equipo especializado de arquitectos, antropólogos, historiadores y técnicos. Fue inaugurado por el presidente Adolfo López Mateos el 17 se septiembre de 1964. El monolito de Tláloc fu traído desde la comunidad de Coatlinchan, Estado de México, el 16 de abril de 1964. En 1965, ganó la medalla de oro por sus planos y fotografías en la Bienal Internacional de Arquitectura, celebrada en São Paulo, Brasil.
El ""paraguas"" es el sello distintivo del lugar, resalta el mestizaje como factor de identidad nacional. Conserva como ejes los cuatro puntos cardinales que representan el simbolismo de la columna: Integración de México (vista al Este), Proyección de México (vista al Oste), y las etapas formativas de México: Independencia, Reforma y la Revolución. (vistas al Norte y Sur). El Museo Nacional de Antropología se ha consolidado como uno de los diez museos más visitados en el mundo. Cuenta con la colección más grande de arte precolombino del planeta distribuida en 22 salas de exhibición en 70 mil metros cuadrados.