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Álvaro Manrique de Zúñiga, Marqués de Villamanrique, 7° Virrey 17 de octubre de 1585 27 de enero de 1590
A pesar de que el gobierno del Marqués de Villamanrique comenzó bajo los mejores auspicios, pues parecía que el nuevo virrey era un hombre prudente, de buen juicio y rectas intenciones, pronto la Nueva España entró en un período de grave crisis que amenazaba en desembocar en una guerra civil, debido a que el virrey no fue capaz de conciliar las posiciones encontradas y los conflictos entre las diversas órdenes religiosas apoyadas por una buena parte de la población y la autoridad de los obispos, sostenida por las autoridades. Llegaron inclusive a enfrentarse los partidarios de ambos bandos con las armas en la mano.
Este y otros errores políticos del virrey provocaron su caída, puesto que el rey Felipe II decidió removerlo para evitar la guerra civil, tal y como se lo anunciaba la mucha correspondencia que recibía de México, y en donde se acusaba al virrey de ineptitud, corrupción, torpeza e imprudencia.
Su majestad resolvió someter al Marqués de Villamanrique a juicio de residencia, teniendo la ciudad de México como prisión, además de que le fueron embargados todos sus bienes, incluyendo la ropa y los enseres personales de su esposa. Seis largos años pasó arraigado en la capital de lo que fue su virreinato y luego pudo regresar a España para intentar reivindicar su honra.